重慶萬州慈云寺位于南岸區玄壇廟獅子山麓，瀕臨長江。慈云寺門左側臥一石刻青獅，與長江對岸的白象街遙遙相望，素有“青獅白象鎖大江”之說。寺始建于唐代，重修于清乾隆年間，原為觀音廟。1927年云巖法師募資擴建，更名慈云寺，是當時全國惟一僧尼合廟的佛教寺院。

慈云寺院主要有前后山門、大雄寶殿、圓通寶殿、三圣殿、伽藍殿、燃燈殿、彌勒殿、韋馱殿等寺廟建筑群。大山門為寺院的主要出口，為二重檐仿古建筑，山門橫額書“慈云寺”三個大字，系趙樸初的手筆。大雄寶殿供奉的有：釋迦牟尼佛、藥師佛、觀音菩薩、地藏王菩薩；圓通寶殿正中供奉的是觀世音菩薩的金塑法身，天冠中有阿彌陀佛圣像，是人們心目中最具有慈悲心的一種觀音圣像，背面供奉的是一尊二十四臂緬甸玉觀音，兩邊供奉的是觀音菩薩現身十方諸佛國土度脫重生的三十二應身像；三圣殿供奉的是西方三圣像；伽藍殿供奉的是伽藍菩薩；燃燈殿供奉的是燃燈古佛；彌勒殿供奉的是彌勒菩薩；韋馱殿供奉的是韋馱菩薩。

慈云寺大雄寶殿正中供奉的釋迦牟尼玉佛，高1.87米，重1500多公斤，系中國四大玉佛之一，1931年由緬甸迎來。玉佛前懸掛著四個金剛幢，上面有五色金線盤結粘貼而成的《金剛經》全文。 

慈云寺建筑具有中西風格，在中國佛教寺院中獨樹一幟。慈云寺藏經樓藏有稀珍本的影印宋版《磧砂大藏經》一部計6362冊，以及佛教經典、金繡佛掛像、千佛衣、古代指書指畫和日本早年出版的全套佛像影畫等。還有一棵國內罕見的菩提樹，系六十年前自印度移植，如今已枝繁葉茂。樹下池內有雕塑蓮花一朵，上立釋迦太子像，四周塑有九條龍，口噴清泉，曰“九龍浴太子”。 另外慈云寺院還新建了素香齋，為廣大香客、游人提供素食和休閑之地。

新建后的慈云寺，將為廣大佛教信眾提供一個理想的宗教場所，成為陶冶情操、凈化心靈的一方凈土，人們期待著慈云寺這顆三峽庫區的明珠放射出更加璀璨的光芒。