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西藏藏醫學院前身系西藏藏醫學校(中專)和西藏大學藏醫系,1989年9月成立西藏大學藏醫學院,1993年2月經國家教委批準獨立設置為西藏藏醫學院。從此,藏醫藥高等教育正式列入全國普通高等教育的序列,是國內外第一所獨立設置的培養高層次藏醫藥專業人才的高等學府。
西藏藏醫學院坐落在聞名世界的日光城拉薩,位于雄偉壯麗的布達拉宮東北側,占地面積82133平方米,建筑面積32281.63平方米。校園環境優美,設施齊備,傳統文化特色濃厚。圖書館珍藏有珍貴的《大藏經》及2100多卷傳統藏醫藥典籍與近百幅傳統藏醫藥教學彩色唐卡;實驗標本中心收集有藏藥材標本1000余種;藏醫藥天文星算博物館是全國首家專門展示藏民族優秀傳統文化——藏醫藥和天文星算的博物館。