1602年奠基，1637年全部竣工，而教堂前一段長石階則于稍后完成。這間教堂與火結(jié)下不解之緣，從其雛型起始，至現(xiàn)時(shí)僅存的前壁牌坊，先后經(jīng)歷三次大火，屢焚屢建，是一所活生生的歷史見。

1835年1月26日黃昏，圣保祿教堂失火，一發(fā)不可收拾，焚燒了兩個(gè)多小時(shí)，整幢教堂幾乎付諸一炬，幸好教堂最珍貴的前壁仍能保存屹立，成為今日的大叁巴牌坊，期間曾數(shù)度修葺，最近一次大規(guī)模的維修保養(yǎng)工程于1991年進(jìn)行。

當(dāng)年的圣保祿教堂建筑，糅合了歐洲文藝復(fù)興時(shí)期與東方建筑的風(fēng)格而成，教堂前寬闊的68級(jí)長石階梯，更突出了卓爾不群的氣勢和顯赫的地位。圣寶祿教堂建成后，在遠(yuǎn)東享有盛名，它不僅是遠(yuǎn)東最大的天主教堂，也是遠(yuǎn)東第一所西方大學(xué)，許多西方傳教士都到此研修天主教義，如明朝時(shí)意大利傳教士利馬竇、德國傳教士湯若望等著名人物。中西合璧、雕刻精細(xì)，單獨(dú)是大叁巴牌坊的造價(jià)，三百年前已達(dá)三萬兩銀。