清初，為進亠步擴大格魯派的勢力和影響，五世達賴寧公元1654年遣其弟子曲吉·昂翁彭錯赴康區發展黃教，昂翁彭錯于次年即達德格。在德格土司根嘎彭錯的支持下在中扎柯主持修建了到康區后的第一座寺廟4一格魯派更沙寺，并擔任了寺廟主持，成為更沙寺的第一代曲吉活佛。更沙寺建成后，在清代獲得一些發展，先后在土司轄區建起10多座規模不大，名義上屬更沙寺分寺的格魯寺廟。

　　更沙寺無任命活佛、格西、喇嘛的教權，設曲苦活佛轉世系統，職事僧侶實行3年一換制度。寺廟戒律嚴明，對違戒僧侶實行罰款、罰物、吊打、甚至肉刑處罰，在土司轄區享受其它教派一樣的經濟政治特權，·按俗民出家規定在寺廟勢力范圍招收僧侶。解放初統計，更沙寺共有僧侶550人，其中活佛1人，堪布2人，格西2人，喇嘛、扎巴322人。設扎巴學校1所，"曲熱覺"佛學院1所，有槍100余支，可編用僧兵200余人，擁有50戶科巴，500多畝耕地和1000多頭牲畜，長期從事商業和高利貸經營。

　　土司統治時期，更沙寺積極參與政治活動，自覺地充當德格家族統治、麻痹人民的工具。寺廟長期建有武裝力量，為擴張教派實力長期與苯波教登青寺摩擦爭斗，曾在18世紀中葉聯合甘孜太金寺僧兵，武裝驅殺登青寺僧侶并破壞登青寺殿堂。解放后，寺廟上層喇嘛在西藏地方政府支持下，在民主改革期間敵視黨和政府，造謠惑眾并煽動僧侶以各種形式資助并參與叛亂。1959年，通過四反運動對少數參叛僧侶作出處理，廢除了更沙寺的封建壓迫剝削特權。

　　1983年以后，全寺僧侶在寺管會管理下開侯宗教活動，發展自養經濟，逐步修復了寺廟建筑。　1988年，更沙寺有僧侶145人，其中活佛1人，堪布1人，格西1人，喇嘛47人。寺廟自養經濟年收人近萬元。