小寨子溝自然保護(hù)區(qū)屬森林和野生動(dòng)物類(lèi)型自然保護(hù)區(qū)，主要保護(hù)對(duì)象為大熊貓、金絲猴、扭角羚等珍稀瀕危野生動(dòng)物及森林生態(tài)系統(tǒng)。保護(hù)區(qū)的總面積為44391.2公頃，全為國(guó)有林。本區(qū)是岷山大熊貓A種群分布邊緣區(qū)。 庫(kù)，是全球同緯度地區(qū)保存最完好的一個(gè)森林和野生動(dòng)物保護(hù)區(qū)。條支溝主溝，如天上銀河，縹緲的林霧，蕩起浩瀚的煙波。自然遺產(chǎn)留下的這方凈土，要嚴(yán)防人類(lèi)的干擾和污染，所以在開(kāi)發(fā)小寨子溝的旅游資源時(shí)，政府強(qiáng)調(diào)首先要考慮的是原原本本的保護(hù)，應(yīng)以科考，接待國(guó)外游客為主、對(duì)普通游客適當(dāng)控制。

對(duì)小寨子溝自然保護(hù)區(qū)鳥(niǎo)類(lèi)資源的調(diào)查顯示,該區(qū)鳥(niǎo)類(lèi)306種,隸屬于17目56科159屬,其中東洋界種類(lèi)占總數(shù)的50.98％,古北界占40.52％;動(dòng)物區(qū)系復(fù)雜,表現(xiàn)出東洋界向古北界過(guò)渡的特征.該區(qū)珍稀重點(diǎn)保護(hù)物種多、生物多樣性豐富:屬?lài)?guó)家Ⅰ、Ⅱ類(lèi)保護(hù)的物種40種,占四川省該類(lèi)動(dòng)物的46.07％;屬"三有"動(dòng)物保護(hù)的物種176種,占該區(qū)總種數(shù)的57.52％;屬中國(guó)瀕危動(dòng)物紅皮書(shū)的有20種;孓遺、特有鳥(niǎo)類(lèi)33種,占四川省總鳥(niǎo)類(lèi)特有種的54.10％.最后對(duì)導(dǎo)致鳥(niǎo)類(lèi)數(shù)量減少的因素進(jìn)行了分析,并就資源現(xiàn)狀提出了保護(hù)建議。