小寨子溝自然保護區屬森林和野生動物類型自然保護區，主要保護對象為大熊貓、金絲猴、扭角羚等珍稀瀕危野生動物及森林生態系統。保護區的總面積為44391.2公頃，全為國有林。本區是岷山大熊貓A種群分布邊緣區。 庫，是全球同緯度地區保存最完好的一個森林和野生動物保護區。條支溝主溝，如天上銀河，縹緲的林霧，蕩起浩瀚的煙波。自然遺產留下的這方凈土，要嚴防人類的干擾和污染，所以在開發小寨子溝的旅游資源時，政府強調首先要考慮的是原原本本的保護，應以科考，接待國外游客為主、對普通游客適當控制。

對小寨子溝自然保護區鳥類資源的調查顯示,該區鳥類306種,隸屬于17目56科159屬,其中東洋界種類占總數的50.98％,古北界占40.52％;動物區系復雜,表現出東洋界向古北界過渡的特征.該區珍稀重點保護物種多、生物多樣性豐富:屬國家Ⅰ、Ⅱ類保護的物種40種,占四川省該類動物的46.07％;屬"三有"動物保護的物種176種,占該區總種數的57.52％;屬中國瀕危動物紅皮書的有20種;孓遺、特有鳥類33種,占四川省總鳥類特有種的54.10％.最后對導致鳥類數量減少的因素進行了分析,并就資源現狀提出了保護建議。